После долгих лет жизни втайне от мира людей братья-Черепашки решают наконец-то завоевать сердца жителей Нью-Йорка и надеются, что, совершив что-то поистине героическое, люди примут их за нормальных подростков. Случайность сводит их с Эйприл О’Нил, которая помогает им вступить в битву с таинственным преступным синдикатом. Вскоре все они попадают в водоворот событий, когда им противостоит огромная армия мутантов, и начинаeться мутантский разгром!